Upokorzenie smakuje tak samo w ustach każdego człowieka.
We wszystkich listach pozwala sobie na tylko jedno zdanie dowodzące zadowolenia z siebie: „Z satysfakcją stwierdzam, że podczas całej podróży nikt z moich ludzi nie zmarł na skutek choroby”. Była to absolutna prawda. Jeśli nie liczyć jednej ofiary epilepsji i jednej zatrucia alkoholem, reszta ofiar tej wyprawy zmarła w wyniku utonięcia lub wycieńczenia, połączonego z konsumpcją ogromnych ilości rumu w śniegach Ziemi Ognistej. Ale nawet to krótkie zdanie, ta pozytywna ocena samego siebie, musiało okazać się najsmutniejszym, jakie kiedykolwiek napisał. Bowiem kłopoty zdrowotne załogi dopiero teraz miały się zacząć. Po podróży opasującej ziemski glob Cook przywiózł do Batawii zdrową załogę; kiedy ich stamtąd zabierał, statek przypominał szpital. Batawia (odkąd Holendrzy utracili kontrolę nad Wschodnimi Indiami miasto to znane jest jako Djakarta) była wtedy najbardziej niezdrowym miejscem na kuli ziemskiej. Holendrzy wybudowali miasto na płaskiej nizinie, upodobniając je do miast holenderskich. Wzdłuż każdej prawie ulicy biegł kanał wodny, co nie szkodziło nikomu w chłodnym klimacie Amsterdamu, ale było zabójcze w parnym, wilgotnym, rozgrzanym powietrzu tropików. Kanały były strasznie brudne, pełne ścieków i śmieci, a woda była w nich prawie nieruchoma. Stanowiły idealne miejsce dla rozwoju zarazków, bakterii, wirusów wielu — w znakomitej większości śmiertelnych — chorób tropikalnych i roznoszących je komarów. Malaria kwitła wszędzie, głównym zabójcą była jednak dyzenteria. Banks utrzymuje — a my nie mamy powodu nie wierzyć jego dokładnemu umysłowi naukowca — że z każdych stu żołnierzy przysyłanych z Holandii do garnizonu w Batawii, pięćdziesięciu umierało zwykle już przed końcem pierwszego roku służby, dwudziestu pięciu trafiało do szpitala, a zdolnych do pełnienia służby pozostawało około dziesięciu. Ta przerażająca statystyka wydaje się prawie nieprawdopodobna, ale słowa Banksa potwierdził jeszcze sam Cook: kiedy opuszczał Batawię, holenderscy dowódcy statków mówili mu, że i tak powinien uważać się za szczęściarza, bo nawet połowa jego załogi nie umarła z chorób. Tuż po Bożym Narodzeniu, w pełni już gotowy do dalszej podróży, „Endeavour” wyruszył w morze. Siedmiu ludzi z załogi już zmarło, a ponad czterdziestu było tak poważnie chorych, że nie mogli pełnić służby. Reszta marynarzy, napisał Cook, też była w marnym stanie. Wśród siedmiu zmarłych byli: chirurg okrętowy, Tupia i jego sługa, służący astronoma Greena i trzech marynarzy. Banks także się rozchorował, ale ratował się dużymi dawkami chininy i przebywaniem w świeżym i chłodniejszym powietrzu gór nad Batawią. Cook musiał więc opuszczać miasto, biorąc kurs na Cookstown, z ogromną ulgą i przekonaniem, że najgorsze już minęło. Ale najgorsze miało dopiero nadejść. Zapiski w dziennikach z dziesięciotygodniowej podróży między Batawią a Przylądkiem Dobrej Nadziei są po prostu przerażające. W ciągu pierwszych czterech tygodni umarł jeden marynarz, ale już w następnym dziesięciu ludzi, wśród nich Green i Parkinson, rysownik okazów przyrodniczych. W lutym zmarło dwunastu członków załogi. Oznaczało to, że w ciągu krótkiej, w porównaniu do reszty trasy, podróży z Indii do Afryki zmarła jedna czwarta ludzi, z którymi Cook opuścił Anglię. W pewnym, szczególnie dramatycznym momencie, pozostało dwunastu ludzi zdolnych do obsługi statku, a i oni ledwo się ruszali. Odporności Cooka nie przełamał żaden wirus; musiał mieć naprawdę żelazne zdrowie. Równie prawdopodobne jest jednak, że chorował, ale ani o tym nie pisał, ani nie okazywał słabości. Nie pisał przecież o swoim samopoczuciu ani wcześniej, kiedy na wybrzeżu Nowej Fundlandii wybuch prochu prawie oderwał mu prawą dłoń, ani później, gdy zachorował na ciężkie zapalenie woreczka żółciowego. „Endeavour” zawinął do Cape Town 14 marca. Przewieziono do szpitala około trzydziestu w dalszym ciągu poważnie chorych ludzi. Cook pozostał więc bez połowy załogi, a z pozostałych na pokładzie mniej niż dwudziestu mogło normalnie wykonywać obowiązki